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La Institución Educativa San Pablo fue fundada por la acción comunal del barrio San Pablo en el año 1979 como una sección del IDEM Santo Domingo Savio, del cual se independiza más tarde y toma el nombre de Liceo San Pablo.X
Mediante la resolución departamental Nº 16170 del 27 de noviembre de 2002, se fusionan las escuelas, Urbana Medellín y Marco Fidel Suárez con el Liceo San Pablo, para conformar la Institución Educativa San Pablo.